Сложная военная обстановка отразилась на характере деятельности государственных и общественных физкультурно-спортивных организаций. Они стали одним из основных каналов подготовки резерва армии и флота, комплектования партизанских отрядов, специальных подразделений и истребительных батальонов. Под лозунгом "Все для фронта, все для победы!" началась беспощадная борьба с агрессором. В предельно сжатые сроки, когда часть территории уже была захвачена врагом, перестраивалась на военный лад экономика всей страны и мобилизовались все силы народа на битву с фашизмом.
С первых дней войны комсомол взял шефство над комплектованием и подготовкой парашютно-десантных войск. Под руководством чемпионов России по лыжному спорту велась подготовка лыжников-десантников.
Всесоюзный комитет по делам физической культуры и спорта 25 июня 1941 г. издал приказ "О работе физкультурных организаций по военной подготовке". В июле была введена военно-физическая подготовка в старших классах школ и в средних специальных и высших учебных заведениях. Каждая комсомольская организация отвечала за патриотическое воспитание и стремилась подготовить наибольшее число снайперов, пулеметчиков, гранатометчиков, медсестер, радистов.
С 1 октября 1941 г. в стране было введено всеобщее обязательное обучение военному делу всех граждан в возрасте от 16 до 50 лет, способных носить оружие.
В распоряжение военно-учебных пунктов профсоюзы и комсомол рекомендовали наиболее квалифицированных специалистов по физической культуре, владевших педагогическим мастерством, умениями и навыками обучения рукопашному бою и истреблению танков, передвижению на лыжах и преодолению водных преград. Только преподаватели и студенты Московского ИФК за годы войны подготовили более 340 тысяч человек по различным военно-прикладным специальностям.
К концу 1941 г. было создано 1755 истребительных батальонов, в которые входило около 250 тысяч человек, влившихся затем в действующую армию.
В Москве на стадионе "Динамо" формировалась "Отдельная мотострелковая бригада особого назначения", в составе которой успешно действовали спортсмены-добровольцы. Бойцами этой бригады были неоднократные чемпионы страны братья Георгий и Серафим Знаменские, Герой Советского Союза лыжница Кулакова, боксер Николай Королев и другие. В битве за Москву этой бригаде было поручено минировать подступы к столице и тем самым задерживать продвижение врага. Воины-спортсмены чаще всего действовали во вражеском тылу.
Много подвигов было совершено спортсменами во время войны. Например, Юрий Курило, неоднократный участник марафонских заплывов на Балтийском и Черном морях, в октябре 1941 г. проплыл в ледяной воде Ладоги 30 км, своевременно доставив донесение.
На равных с мужчинами сражались с захватчиками и женщины -медсестры, связистки, разведчицы, партизанки. Некоторые из них были командирами танковых экипажей и авиационных эскадрилий.
Воспитанница школы тренеров при Ленинградском ИФК Клавдия Назарова руководила в городе Острове на Псковщине подпольной группой. Она устраивала побеги тем, кто оказался в плену; организовывала крушения поездов и пожары на вражеских лесопилках; помогала партизанам в борьбе с фашистами. По доносу предателя ее и еще троих членов подпольной группы арестовали. Клавдии Назаровой посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. Таких героев было много; к сожалению, многие из них были награждены тоже посмертно.